| Final | 1 | X | 2 | |
|---|
| Qormi - Hibernians | 1:3 | 3.51 | 3.99 | 1.73 | 22.05.2013 |
| Semi-finals | 1 | X | 2 | |
|---|
| Valletta - Hibernians | 2:3 | 2.17 | 3.41 | 2.83 | 18.05.2013 |
| Qormi - Lija | 1:0 | 1.25 | 5.30 | 8.25 | 17.05.2013 |
| Quarter-finals | 1 | X | 2 | |
|---|
| Balzan - Qormi | 0:1 | 3.23 | 3.60 | 1.89 | 17.02.2013 |
| Hibernians - Zebbug | 3:0 | 1.13 | 7.50 | 11.00 | 17.02.2013 |
| Rabat Ajax - Valletta | 0:3 | 9.00 | 5.75 | 1.20 | 17.02.2013 |
| St. Andrews - Lija | 0:1 | 2.00 | 3.75 | 2.88 | 17.02.2013 |
| 1/8-finals | 1 | X | 2 | |
|---|
| Balzan - Gzira | 3:2 ET | 1.36 | 4.59 | 6.00 | 23.01.2013 |
| Lija - Floriana | 1:0 | | | | 23.01.2013 |
| Qormi - Birkirkara | 2:1 | 3.63 | 3.52 | 1.81 | 23.01.2013 |
| Sannat Lions - Rabat Ajax | 0:5 | 5.50 | 5.00 | 1.36 | 23.01.2013 |
|
| Valletta - Nadur | 2:0 | 1.08 | 9.00 | 13.00 | 23.01.2013 |
| Gudja - Hibernians | 0:4 | 10.38 | 6.50 | 1.15 | 22.01.2013 |
| Marsaskala - Zebbug | 0:3 | | | | 20.01.2013 |
| St. Andrews - Mqabba FC | 4:1 ET | | | | 20.01.2013 |
| 1/16-finals | 1 | X | 2 | |
|---|
| Gzira - Victoria Wanderers | 1:0 | | | | 02.12.2012 |
| Hamrun - Valletta | 1:3 | 8.25 | 6.67 | 1.18 | 02.12.2012 |
| Pieta - Rabat Ajax | 0:1 | | | | 02.12.2012 |
| Zabbar - Sannat Lions | 1:2 | | | | 02.12.2012 |
| Zejtun - Nadur | 1:3 | | | | 02.12.2012 |
| Zurrieq - Mqabba FC | 1:2 | | | | 02.12.2012 |
| Birkirkara - Tarxien | 1:0 | 1.31 | 5.30 | 6.25 | 01.12.2012 |
| Hibernians - Mosta | 2:1 | | | | 01.12.2012 |
| Melita - Floriana | 0:2 | | | | 01.12.2012 |
|
| Msida - St. Andrews | 0:2 | | | | 01.12.2012 |
| Qormi - Pembroke | 5:2 ET | | | | 01.12.2012 |
| Sliema - Zebbug | 1:2 PEN. | | | | 01.12.2012 |
| Gudja - Senglea | 2:0 | | | | 30.11.2012 |
| Lija - Gharghur | 2:1 | | | | 30.11.2012 |
| Marsaskala - St. Venera | 3:1 | | | | 30.11.2012 |
| Naxxar - Balzan | 3:4 ET | | | | 30.11.2012 |
| 1/32-finals | 1 | X | 2 | |
|---|
| Dingli Swallows - Naxxar | 1:4 | | | | 21.10.2012 |
| Gharghur - Mtarfa | 4:1 | | | | 21.10.2012 |
| Mgarr - Victoria Wanderers | 1:2 | | | | 21.10.2012 |
| Nadur - Marsaxlokk | 1:0 | | | | 21.10.2012 |
| Pembroke - Xewkija | 3:2 | | | | 21.10.2012 |
| Senglea - Kercem Ajax | 2:1 PEN. | | | | 21.10.2012 |
| St. George's FC - Pieta | 0:1 | | | | 21.10.2012 |
| St. Venera - Xaghra | 3:2 | | | | 21.10.2012 |
| Swieqi - Sannat Lions | 1:6 | | | | 21.10.2012 |
| Gudja - Xbiex | 6:0 | | | | 20.10.2012 |
| Marsa - Zabbar | 1:2 PEN. | | | | 20.10.2012 |
| Marsaskala - Luqa | 3:1 | | | | 20.10.2012 |
| Sirens - Gzira | 0:1 | | | | 20.10.2012 |
| St. Andrews - Birzebbuga | 2:0 | | | | 20.10.2012 |
| Vittoriosa - Msida | 1:2 ET | | | | 20.10.2012 |
| Zebbug - Mellieha | 3:0 | | | | 20.10.2012 |
| Zejtun - San Gwann | 3:1 | | | | 20.10.2012 |
| Zurrieq - Fgura | 4:0 | | | | 20.10.2012 |
| Lija - Siggiewi | 3:1 | | | | 19.10.2012 |
| Mqabba FC - Kirkop | 3:0 | | | | 19.10.2012 |
| 1/64-finals | 1 | X | 2 | |
|---|
| Xaghra - Oratory | 2:0 | | | | 11.09.2012 |
| Attard - Sirens | 1:3 | | | | 09.09.2012 |
| Marsaskala - Victoria Hotspurs | 3:0 | | | | 09.09.2012 |
| Nadur - Gharb | 8:1 | | | | 09.09.2012 |
| Xbiex - Munxar | 2:1 | | | | 09.09.2012 |
| Ghaxaq - Marsa | 1:2 | | | | 08.09.2012 |
| Kercem Ajax - Ghajnsielem | 4:2 | | | | 08.09.2012 |
| Qala Saints - Xewkija | 0:5 | | | | 08.09.2012 |
| Qrendi - Luqa | 1:4 | | | | 08.09.2012 |
| Mdina - Swieqi | 1:2 | | | | 06.09.2012 |
| Sannat Lions - Kalkara | 2:0 | | | | 06.09.2012 |
| Santa Lucia - Victoria Wanderers | 0:3 | | | | 06.09.2012 |
| St. Lawrence - Senglea | 0:2 | | | | 06.09.2012 |
| Xghajra - Mtarfa | 0:5 | | | | 05.09.2012 |
